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单细胞外显子组测序

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单细胞外显子组测序

产品描述信息

           单细胞外显子组测序是指运用MALBAC技术对单个细胞基因组进行扩增,结合序列捕获技术,特制的探针将全基因组外显子组序列捕获并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。

 

 

产品详细信息

1、运用MALBAC扩增技术,解决了基因组扩增对微量初始模板过大的扩增偏倚,使得单细胞中90%的基因组能够被测序,样品起始量可低至0.5pg;

2、通量高:每个样本30X以上的数据产出量,海量数据用于分析;

3、覆盖度高:能够检测到大于90%SNP

4、分辨率高:单碱基分辨率;

5、可检测到基因组内较大的结构性变异及基因拷贝数变化等,可全面发掘新的和稀有的遗传变异; 

6、可得到更加全面、可靠的基因变异信息;

7、数据偏差小、高均一性,真实反应样本基因组信息。

取样要求:做好记录、避免污染、充分取样.
          组织样品必须是在手术切除后立即冷冻保存(液氮或-80℃),保存时间在一年之内;全血(或骨髓)样品不少于5mL,需用抗凝采血管取样和抗凝管分装,并且在-80℃保存;
     细胞悬液或细胞系,需按照细胞冻存的标准操作,使用细胞冻存液梯度降温保存于液氮或-80℃

       分离的单细胞样品推荐使用PH7.2-7.41x PBS buffer (不含 Ca2+Mg2+,) 加上1%BSA细胞保存液保存,总体积不超过2 µL,立刻液氮速冻,干冰运输。

  对于肿瘤样品所取样品大小建议为1-2cm3(过大不利于样品的冻存,过小则不能满足取样用量),对难取样或珍贵的标本,样品大小至少5mm3

      癌症病人单个外周血循环肿瘤细胞的外显子测序

      在这项研究中,研究人员利用 谢晓亮教授研发出的MALBAC扩增技 术,首次报道了对于癌症(cancer)病 人单个外周血循环肿瘤细胞的全基 因组、外显子组测序结果,此项研 究对于揭示癌症(cancer)转移的分子 机制(Molecular Mechanisms)具有重 要意义,同时还为无创癌症(cancer) 诊断提供了一种新的技术手段。 MALBAC技术具有基因组扩增均匀, 覆盖率高等众多优势,从而使得研 究人员可以在单个细胞水平准确探 测全基因组基因拷贝数变异(CNVs) 和单核苷酸变异(SNVs)。

这是首次在CTC中观察到的高度一致的拷贝数变异模式将会改变传统上对肿瘤异质性的理解,揭示了特定的拷贝数变异在肿瘤形成及转移中发挥了重要的作用
X.Sunny Xieet al ,PNASNov. 5 , 2013 

      研究人员通过分析肺腺癌患者和小细胞肺癌患者的循环肿瘤细胞,检测到与癌症发生发展相关密切的原癌基因和抑癌基因上的重要单核苷酸变异和插入/缺失。

      这表明血液中的肿瘤细胞尽管存在遗传特性的差异但是同一位患者的癌细胞中遗传变异存在相似性,甚至在同一类型的几名肺癌病人 中间表现出了相似性。

      这是首次在CTC中观察到的高度一致的拷贝数变异 模式,将会改变传统上对肿瘤异质性的理解,揭示了特定 的拷贝数变异在肿瘤形成及转移中发挥了重要的作用。

[1] Ni X., Zhou M., Su Zhe, Duan J., et al. Reproducible copy number variation patterns among single circulating tumor cells of lung cancer patients.PNAS,Nov.5,2013.

[2]Ni, Y., Song, L., Zhu, P., Zhang, B., Tao, Y., Xu, X., Li, F., Wu, K., Liang, J., Shao, D., et al. (2012). Single-cell exome sequencing and monoclonal evolution of a JAK2-negative myeloproliferative neoplasm. Cell 148, 873-885.

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